Для того чтобы убрать не эффективный вагон нужно сначала кликнуть в правом верхнем углу картинки с паравозиком, значек шестеренки

потом нужно выбрать паравоз, тот у которого были не эффективные вагоны или другой и кликнуть на него. Если вы выберете другой паравоз то вполне возможно что для него у вас будут подходящие, то есть эффективные вагоны.

и уже выбираете из вагонов которые у вас есть эффективные для данного паравоза. Если их нет, то либо покупайте вагоны либо используйте не эффективные. При использовании не эффективных вагонов  с паравозом ничего не случится, единственный минус, он меньше сможет привезти, производительность падает прилично.

P.S. Важно помнить что в игре нет оповещений и том что вагоны нуждаются в ремонте. Вернее они есть, выплывающее меню, но оно выскакивает не на долго и часто пропускаешь его. Поэтому своевременно ремонтируйте вагоны. Ремонт производится там же где ремонтируете паравозы, параходы и дирижабли. Кликайте на вкладку вагоны и занимайтесь ремонтом.